二次供水紫外线杀菌器在二次供水中的位置是有要求的，二次供水楼房是多层时关系不是很大，可是当楼房是高层的时候就要讲究紫外线杀菌器的位置了。
二次供水紫外线杀菌器是由304不锈钢加工成密闭反应腔，从两头穿过石英管和紫外线杀菌灯，紫外线杀菌灯要避免潮湿和水浸，所以石英管加密封组件使紫外线杀菌灯与水隔绝的作用，石英管在压力均匀的情况下能抵抗很强的压力，可是石英管是易碎品，在压力不均匀的时候就很容易破碎。
水锤是指给水泵在起动和停机时，水流冲击管道，产生的一种严重水击。由水锤产生的瞬时压强可达管道中正常工作压强的几十倍甚至于数百倍。这种大幅度压强波动，可导致管道系统强烈振动，噪声，并可能破坏阀门接头。对管道系统有很大的破坏作用。
所以在水泵突然断电的时候水锤会使紫外线杀菌器的灯管和石英管破碎，在安装的时候要按照要求进行安装，一般紫外线杀菌器安装在水箱出口和变频水泵中间，决不能安装在水泵的出口处，因产生水锤后经过管道、阀门和水泵的叶片进行缓冲使水锤的破坏力降到了最低，也可以减少管网的高压对紫外线消毒器的伤害，因此安装在水泵的进水口处。
紫外线消毒器在安装的时候为了便于以后维修要在紫外线杀菌器的两头（任意一头）留出至少大于灯管的长度，方便更换灯管和清洗石英管。紫外线消毒器在安装的时候建议在其他设备调试完毕后最后安装，因为其他设备在调试的时候可能会出现渗水或冒水的问题防止紫外线杀菌器进水短路。
